......001云霄飞车***人事件（黑衣组织—琴酒、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。
大幕拉开）
002董事长千金诱拐事件（阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南，住进毛利侦探事务所）
003偶像密室***人事件（沉睡的毛利小五郎初登场） 005新干线大爆破事件（假琴酒和沃卡登场） 007每月一件礼物威胁事件（兰初次怀疑柯南是新一） 014奇怪的xx事件（xx美初登场）
043江户川柯南诱拐事件（工藤父母知道变小） 049外交官***人事件（上集）
050外交官***人事件（下集）（服部平次登场，工藤新一第一次恢复) 056电玩公司***人事件（龙舌兰出现，被炸死） 059xx迷***人事件（上集）
060福尔摩斯迷***人事件（下集）（服部平次知道柯南身份） 078柯南vs怪盗基德上集（怪盗基德出场） 079xxbs怪盗基德下集
099走投无路的名侦探连续两大***人事件四之一
100走投无路的名侦探连续两大***人事件四之二（兰第二次怀疑柯南） 101走投无路的名侦探连续两大***人事件四之三 102走投无路的名侦探连续两大***人事件四之四
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124-125浪花连续***人案不仅是远山和叶的初登场，而且黑衣组织底层人员沼渊己一郎也在这一集初登场
135黑暗组织10亿抢劫事件（宫野明美被GIN***死，黑衣组织浮出水面） 136黑暗组织来的女子大学教授***人事件一（灰原哀出场） 学习好帮手
......137黑暗组织来的女子大学教授***人事件二 138黑暗组织来的女子大学教授***人事件三 139黑暗组织来的女子大学教授***人事件四
140竞技场一视同仁胁迫事件上集（灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)141竞技场一视同仁胁迫事件下集
181黑暗之中的死角（上集）（重要人物新出医生登场） 182黑暗之中的死角（下集）
190与黑暗组织的再会（灰原篇）（皮斯克出场） 191与黑暗组织的再会（柯南篇）（宫野志保第一次恢复）
192与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场） 203生死一瞬间侦探队洞窟探险记 204生死一瞬间名侦探负伤
205生死一瞬间第三个选择（工藤新一第二次恢复） 206生死一瞬间黑衣骑士 207生死一瞬间新一回来了 208生死一瞬间约会的地点
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235被召集的名侦探工藤新一vs怪盗基德一（提到了乌丸莲耶，疑似BOSS，半个世纪以前很有钱）
236被召集的名侦探工藤新一vs怪盗基德二 237被召集的名侦探工藤新一vs怪盗基德三 238被召集的名侦探工藤新一vs怪盗基德四 241人鱼失踪记（事件篇） 学习好帮手
......242人鱼失踪记（推理篇） 243人鱼失踪记（解决篇）
245战斗游戏的陷阱（上集）（朱蒂出场）
246战斗游戏的陷阱（下集）（茱蒂称呼柯南为Cool guy） 249神秘乘客（上集）（赤井秀一出场，形势复杂） 250神秘乘客（下集）
261xx的灾难（提到GIN是左撇子) 265网中谜
266网中谜（灰原对兰有好感） 272总局刑警恋爱物语4上集 273总局刑警恋爱物语4下集
277来自芝加哥的男人（上集）（詹姆斯·布莱克出场）
278来自芝加哥的男人（下集）（詹姆斯称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy） 291犯罪的纪念品（上集）（毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
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292犯罪的纪念品（下集）（赤井秀一在毛利侦探事务所外监视） 293情急之下的应变之道（上集）（小兰开始回忆赤井秀一） 294情急之下的应变之道（下集）（茱蒂说：
快到了收获苹果的时候了。同时灰原被贝尔摩德怀疑）
299英语教师VS关西名侦探（上集）（柯南叫博士调查克里斯·宾亚德） 300英语教师VS西部名侦探（下集）
301疯狂足球迷上集（知道克里斯·宾亚德在她母亲葬礼上说出了她的经典台词）302疯狂足球迷下集
306xx的雨中幻影上集 学习好帮手
......307中华街的雨中幻影下集（小兰回忆起包含克丽斯和秀一的纽约的事情）
308工藤新一的纽约事件（事件篇）（知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）309工藤新一的纽约事件（推理篇）
310工藤新一的纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成***人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。
xx得知xx一是FBI。）
311光彦森林迷失记上集（沼渊己一郎跟黑暗组织有关） 312xx森林迷失记下集
326震撼警政厅1200万人质一（松田警官跟安室有关系） 327震撼警政厅1200万人质二 328震撼警政厅1200万人质三
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329震撼警政厅1200万人质四
332残留下来的无声证言（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴） 333残留下来的无声证言（后篇）（下一集的引子）
334接触黑色组织（交涉篇）（柯南从小兰得知赤井秀一是FBI的事情） 335接触黑色组织（追踪篇）
336接触黑色组织（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）354用钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：
宫野厚司。是xx博士的旧识。） 355用钱买不到的友情（下集）
360东京现像所的秘密（前篇）（灰原感觉被跟踪）
361东京现像所的秘密（后篇）（灰原被赤井秀一所派叼烟男子开车跟踪，赤井秀一最后看着灰原照片说：
但是，还真像啊） 363四辆xx（前篇） 学习好帮手
......364四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
365隐藏在厕所中的秘密（前篇）
366隐藏在厕所中的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言） 369便利商店的陷阱（前篇）
370便利商店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
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